Nel 1930, a Orbetello, venne costituito il 93° Gruppo da Bombardamento Marittimo, nucleo originario del 31° Stormo e la Scuola di Navigazione Aerea D’Alto Mare (SNADAM) per l’addestramento pratico e teorico degli equipaggi che avrebbero preso parte alle Crociere Atlantiche. Nell’estate del 1933, Italo Balbo al comando di una formazione di 25 idrovolanti S.55 X compie un’impresa aerea di massa attraverso il Nord Atlantico, nota come Crociera del Decennale. Su ogni velivolo era imbarcato un equipaggio di quattro uomini, due piloti, un radiotelegrafista e un motorista. Il 1° ottobre del 1933, gli equipaggi e le macchine protagonisti dell’ultima epopea atlantica vengono inquadrati nello “Stormo Sperimentale da Bombardamento Marittimo” che, il 1° gennaio 1936, venne denominato 31° Stormo da Bombardamento Marittimo, con sede presso l’idroscalo di Orbetello e strutturato su due Gruppi, 93° e 94°. Nel 1939 lo Stormo fu ristrutturato con i più moderni trimotori Cant Z.506B con i quali il Reparto iniziò la 2ª Guerra Mondiale. Il 3 giugno 1940 lo Stormo ebbe l’ordine di rischierarsi nell’idroscalo di Cagliari-Elmas, mentre la 199ª Squadriglia fu dislocata presso Oristano. E’ il 31° Stormo a effettuare la prima azione di guerra compiuta dalla Regia Aeronautica. Pochi minuti dopo la mezzanotte dell’11 giugno, due Cant Z.506 della 197ª, effettuano una ricognizione armata sulla base aerea di Ajaccio e lungo le coste della Corsica alla ricerca di campi di aviazione occultati. Il 31° operò con ricognizioni e bombardamenti su basi della Corsica e della Tunisia. Notevoli le azioni condotte contro i porti e le basi aeree di Ajaccio e di Orano. Il 5 novembre 1940, nonostante l’abnegazione e lo spirito combattivo degli equipaggi, l’inferiorità dei mezzi e le gravi perdite subite dal Reparto costrinsero la Regia Aeronautica a sciogliere lo Stormo. Restò in attività il 93° Gruppo e la 199ª Squadriglia che venne rinominata 287ª Squadriglia Autonoma da Ricognizione Marittima Lontana, inquadrata nell’Aviazione della Sardegna. Il 1° febbraio del 1953, presso l’Aeroporto romano dell’Urbe, si costituisce il Reparto Addestramento Elicotteri, prima realtà ad ala rotante dell’Aeronautica Militare, equipaggiato con elicotteri tipo Bell 47D-1, tre esemplari, e Westland S-51 nel numero di due unità. espansione. Nel dicembre del 1954, il Reparto acquisisce il Bell model 47G e nel febbraio del successivo anno viene trasferito nell’Aeroporto di Frosinone. Il nuovo Centro è ordinato sul 208° Gruppo Volo articolato, nella 429ª Squadriglia Scuola e nella 430ª Squadriglia Impiego. Nel 1957 viene costituito il 209° Gruppo Volo Impiego ordinato in due Squadriglie: la 431ª e la 432ª. Nel 1958 il 209° Gruppo Volo viene trasferito presso il sedime aeroportuale di Roma-Centocelle. Il Gruppo trasporta con sé la Bandiera di Guerra ereditata dal disciolto 31° Stormo Bombardamento Marittimo ed il nome di Centro Elicotteri. Il 208° Gruppo Volo rimane, invece, presso il sedime frusinate gettando il seme di quello che diventerà prima nel febbraio del 1960 “Scuola Elicotteri” e poi, oggi, 72° Stormo. Il 13 gennaio 1960 la struttura di Comando del Centro si trasferisce a Centocelle. Il nuovo Reparto costituito è articolato in due Gruppi Voli: il 209° ed il 210°. Il 1° aprile 1960 il 209° gruppo diviene 94° Gruppo Volo ed il 210° diviene 93° Gruppo Volo. Nel 1963 il 93° Gruppo lascia il sedime di Roma-Centocelle per dislocarsi su Pratica di Mare.
Il Centro Elicotteri si trasferisce a Pratica di Mare ed il 1° marzo del 1965, il Centro Elicotteri assume, inoltre, la definitiva denominazione di 31° Stormo Elicotteri ed è articolato su due Gruppi: il 93° ed il 94°.
II 31° Stormo è impiegato per il trasporto di Alte Autorità dello Stato, per il collegamento con i centri aeronautici isolati e per compiti di protezione civile. Di notevole rilievo gli interventi compiuti durante l’alluvione in Toscana. Il 2 giugno 1966 viene concessa allo Stormo, grazie alle operazioni effettuate a salvaguardia dei beni nazionali, la Medaglia d’Oro ai Benemeriti della Scuola, della Cultura e dell’Arte. Negli anni successivi il Reparto interviene nelle alluvioni in Campania e Veneto e durante il terremoto del Belice in Sicilia. Per le innumerevoli benemerenze acquisite a livello nazionale in soccorso alle popolazioni sinistrate, il 19 gennaio 1971, alla Bandiera del 31° Stormo Elicotteri viene concessa la Medaglia d’Argento al Valor Civile.
Il 94° Gruppo Volo, in data 1° settembre del 1968, è posto in posizione quadro e le sue Squadriglie passano alle dipendenze del 93° Gruppo Volo e, dopo essere reintegrato il 1° luglio del 1970, viene definitivamente sciolto insieme alle sue due Squadriglie. Si impone, quindi, una scelta che sia frutto di una razionalizzazione dei propri Reparti.
In tale ottica, l’attenzione è rivolta ad un altro prestigioso Reparto dell’arma Azzurra che, per alcuni aspetti, porta a compimento missioni il cui scopo è sovrapponibile con quello che si pone il 31° Stormo. Tale Reparto è, per l’appunto, il Reparto Volo Stato Maggiore. Il Reparto Volo Stato Maggiore si costituisce il giorno 1° aprile del 1946 sull’Aeroporto dell’Urbe in Roma per trasformazione della Sezione Autonoma Volo Stato Maggiore di Centocelle. Il giorno 11 novembre dello stesso anno, il Reparto si scinde organicamente: la struttura di comando è trasferita sull’Aeroporto di Roma-Centocelle mentre la parte volo, ordinata nella Squadriglia Presidenziale, rimane presso l’aeroporto dell’Urbe. In data 1° settembre 1952, è costituito il 306° Gruppo Volo. In esso confluisce la Squadriglia Presidenziale, che nel frattempo è stata rinominata come Squadriglia Voli Speciali, la Squadriglia Collegamento ed Allenamento Plurimotori e la Squadriglia Collegamento ed Allenamento Monomotori. Nel 1957, il Comando Reparto Volo Stato Maggiore ed il neo costituito 306° Gruppo Volo, si trasferiscono sul sedime aeroportuale di Roma-Ciampino dove, il giorno 1° novembre del 1959, le due strutture sono sciolte e fatte confluire nel Centro Addestramento Volo della 2ª Z.A.T.. Il 1° ottobre 1963 viene ricostituito il Reparto Volo Stato Maggiore articolato su due gruppi: il 302°, ordinato nella 514ª e 515ª Squadriglia, ed il 306°, strutturato nella 517ª e 518ª Squadriglia. Gli aeromobili sono impiegati per i collegamenti anche con i distaccamenti che l’Aeronautica Militare possiede in Congo, in Kenya, in Zambia ed in Somalia e per le operazioni di soccorso in concomitanza con il sisma in Sicilia nel gennaio del 1968, con quello in Perù del luglio del 1970 e del Friuli del maggio del 1976. Agli inizi del 1970, il Reparto Volo Stato Maggiore acquisisce i velivoli Piaggio PD808TP e VIP. Nel 1974, più precisamente il 12 gennaio ed il 21 marzo, presso il Reparto entrano in linea due velivoli DC9-30. Il 6 ottobre del 1976 il 31° Stormo Elicotteri muta la sua fisionomia operativa acquisendo il Reparto Volo Stato Maggiore e le sue macchine ad ala fissa. Il nuovo Reparto organicamente costituito su due Gruppi Volo, il 302° (posto in posizione quadro il 1° ottobre 1977) ed il 306° muta la propria denominazione, acquisendo il suffisso “Trasporti Speciali” mentre il 93° Gruppo si trasforma in Gruppo Volo Trasporti Speciali Elicotteri. La sede dello Stormo passa da Pratica di Mare all’Aeroporto di Ciampino mentre la sede operativa del 93° Gruppo Volo rimane presso l’Aeroporto di Pratica di Mare. Dopo la radiazione dei residui vecchi velivoli a pistoni nel 1985 il 31° Stormo apre due nuove linee di volo con l’entrata in servizio del primo G III Gulfstream e il primo (di quattro) Dassault Falcon 50, trireattore executive di costruzione francese. Nel biennio 1997-99 viene avviata la transizione degli equipaggi sul nuovo Airbus A-319CJ. Entra in linea il nuovo executive Falcon 900EX, versione migliorata del Falcon 50 che l’anno dopo raggiunge il traguardo delle 50.000 ore di volo. L’ingresso in linea dell’Airbus 319 CJ, avvenuto il 7 marzo 2000, seguito in breve tempo dall’arrivo di un secondo esemplare, proietta il 31° Stormo nella dimensione di una operatività senza precedenti che si avvia a superare le 10.000 ore di volo annue. Nel 2006, due dei quattro Falcon 50 sono stati sostituiti da due modernissimi Falcon 900 EASy, dotati di strumentazione di bordo all’avanguardia e di maggiore autonomia chilometrica.
La missione attuale dello Stormo è quella di effettuare, con le modalità stabilite dalle norme in vigore, attività di trasporto aereo per soddisfare le esigenze dell’Autorità di Stato, Interforze e di Forza Armata. Provvedere all’addestramento per la prontezza operativa degli equipaggi di volo ed alla standardizzazione delle procedure d’impiego per le linee volo in dotazione al Reparto.
Gli aeromobili del 31° Stormo sono utilizzati per il trasporto di Stato e per missioni di pubblica utilità, quali il trasporto sanitario d’urgenza di ammalati, di traumatizzati gravi e di organi per trapianti, nonché per interventi a favore di persone comunque in situazioni di rischio. Per la particolarità dei compiti assegnati, il 31° Stormo, pur permanendo alle dirette dipendenze del Comando della Squadra Aerea, è posto sotto il controllo operativo dello Stato Maggiore dell’Aeronautica, 3° Reparto, che lo esercita attraverso la sala situazioni che, attivata in H24, coordina tutte le attività di trasporto aereo per esigenze di Stato, sanitarie e umanitarie.