Civitavecchia subì un numero elevato di incursioni aeree perché gli Alleati avevano l’obiettivo di mettere in crisi i rifornimenti della Sicilia, Sardegna e Corsica e neutralizzare Pantelleria. Per tale motivo vennero distrutte le attrezzature portuali e neutralizzati i collegamenti via mare. Il 14 maggio 1943 Civitavecchia fu vittima del primo di una lunga serie di eventi bellici tra i più tragici della Seconda Guerra Mondiale. La città subì la quasi totale distruzione da parte delle gigantesche Fortezze Volanti B 17. Per circa un anno, fino al 22 maggio 1944, la città fu sottoposta a 87 bombardamenti aerei. Si hanno notizie circostanziate di 34 incursioni, alle quali se ne aggiungono altre che, secondo le testimonianze, furono quasi quotidiane. Le punte massime distruttive furono raggiunte tra il 30 maggio e il 4 ottobre 1943.
Civitavecchia venne distrutta quasi al 95% e solo alcuni edifici, ubicati in zona periferica, restarono intatti. Il bilancio di morti e feriti fu molto alto: 450 circa le vittime sotto le macerie o nelle navi affondate in porto. Furono danneggiati 21.300 vani del centro abitato su 26.400 esistenti. I bombardamenti causarono la distruzione anche dei servizi essenziali: acquedotti, reti di distribuzione del gas, dell’energia elettrica e reti fognarie. Nel maggio 1944 il porto di Civitavecchia era in stato di abbandono a causa dei gravi danneggiamenti subiti. Sin dai primi bombardamenti gli abitanti migrarono verso le colline circostanti. Fu un esilio forzato per oltre 25.000 persone. Dopo il primo bombardamento del 14 maggio 1943 gli abitanti abbandonarono in massa la città, sfollando in centri abitati ritenuti più sicuri o in abitazioni rurali. Il primo sentore di pericolo era stato avvertito il 28 aprile 1943 quando, per precauzione, le autorità del porto avevano vietato lo svolgimento della tradizionale processione di Santa Fermina che, allora come oggi, si svolgeva anche a mare. Alcune famiglie, in via precauzionale, sfollarono in periferia e nei paesi limitrofi.
Nel settembre 1958 venne assegnata alla città di Civitavecchia la Medaglia d’Argento al Valore Militare con la seguente motivazione:
«Città di Civitavecchia sottoposta senza tregua a pesanti incursioni aeree, colpita in modo assai grave in tutti i suoi edifici e impianti, con fermo coraggioso e fiero contegno e con i suoi numerosi caduti, dava costante prova di civismo e di profondo amore alla Patria. Nonostante le mutilazioni e i lutti, fedele ai tradizionali ideali di libertà, partecipava attivamente alla resistenza e alla lotta clandestina».
